A két betegség elkülönítése és a pontos diagnózis klinikai, endoszkópos és szövettani jellegzetességeik alapján lehetséges. Colitis ulcerosában a gyulladásos jelenségek csak a bél nyálkahártyájára és a submucosára korlátozódnak, míg Crohn-betegség esetén a bélfal minden rétege érintett a mucosától a serosáig. A colitis ulcerosa csak a vastagbélben fordul elő, így ha szükségessé válik a vastagbél eltávolítása, végleges gyógyulás következik be. Ezzel szemben a Crohn betegség az emésztőrendszer egészét érintheti, ezért a gyulladt szakasz eltávolítása után, a betegség bárhol visszatérhet.
Az egészséges (1), illetve a Crohn betegség (2) és a colitis ulcerosa (3) által érintett bél keresztmetszeti rajza és szövettani képe. Az alsó sorban az endoszkópos vizsgálatok során készült kép látható.
Míg a colitis összefüggő gyulladást hoz létre, a Crohn betegségben gyulladt és ép bélszakaszok váltakoznak egymással. Mindezen különbségek ellenére bizonyos betegeknél (kb. az esetek 10 százalékában) nem lehetséges megkülönböztetni a két betegséget; őket a nem meghatározható colitis-csoportba sorolják.
A fejlett gazdasági országokban (USA, Nagy-Britannia) mindkét betegség jóval gyakoribb, mint az elmaradott térségekben (pl. Ázsia vagy Afrika).
A Crohn betegségben általában 35%-ban mindössze az ileum, 20%-ban csak a vastagbél érintett. A megbetegedések kb. 45%-ában mind az ileum, mind pedig a vastagbél érintett.
A Crohn betegség a fehérbőrű népesség, azon belül is az askenázi zsidók között a leggyakoribb.
Lengyelországban más neve van a betegségnek, mert egy lengyel kutató már jó 30 évvel Crohn előtt felismerte. Náluk Lesniowski-Crohn-féle betegségnek nevezik.